En el caso de que tengas tu sitio todavía en explotación, lo estás desarrollando o estás subiendo el sitio, es un buen momento para mantenerlo lejos de curiosos, además en ese momento puede ser vulnerable, y durante es proceso puede ser que te guste tenerlo lejos de curiosos.
Para crear un directorio protegido para tu sitio web, y este tenga apache, puedes hacer dos cosas, hacerlo desde tu Linux y después subirlo o (recomendado) acceder a tu shell linux (o a la del servidor, si tienes acceso) y escribir desde allí...
Primero, nos colocamos en el sitio donde queramos colocar el fichero, en este caso: